Outils et pipelines bioinformatiques sur mesure

Du simple script à la plateforme d’analyse complète, Sycomia développe des outils bioinformatiques conçus pour fluidifier vos recherches.

process ALIGN {
    tag "$sample_id"
    container 'quay.io/biocontainers/star:2.7.11b'

    input:
    tuple val(sample_id), path(reads)
    path index

    output:
    tuple val(sample_id), path("*.bam"), emit: bam

    script:
    """
    STAR --runThreadN $task.cpus \
         --genomeDir $index \
         --readFilesIn $reads \
         --outSAMtype BAM SortedByCoordinate
    """
}

workflow {
    reads = Channel.fromFilePairs(params.reads)
    QC(reads)
    ALIGN(TRIM(reads), params.index)
    QUANT(ALIGN.out.bam) | MULTIQC
}

Des outils pensés pour votre équipe

qc_check.py

# Quality control of sequencing filesimport pandas as pdfrom qc import read_stats, flag_outliersstats = read_stats("data/*.fastq.gz")stats["mapping_rate"] = stats.aligned / stats.readsoutliers = flag_outliers(stats, min_mapping=0.8)stats.to_csv("results/qc_summary.csv")print(f"{len(outliers)} sample(s) to review")

// scripts

Préparer et contrôler vos données

Des scripts de prétraitement et de contrôle qualité, propres et commentés, prêts à intégrer votre routine.

Lecture et nettoyage des formats courants
Contrôle qualité automatique
Paramètres simples à modifier

// pipelines

Automatiser vos analyses

Des workflows reproductibles qui exécutent vos analyses de la même façon à chaque fois, de la donnée brute au rapport.

Nextflow ou Snakemake
Conteneurs Docker ou Apptainer
Traçabilité de chaque étape

app.sycomia.com

Tableau de bord d’exemple (données simulées)

// tableaux de bord

Explorer vos résultats sans coder

Des applications web interactives pour que biologistes et cliniciens explorent les résultats eux-mêmes.

Filtres, recherche de gènes, graphiques
Accès depuis un navigateur
Installé sur vos serveurs

Ouvrir le tableau de bord

Ce que vous recevez

La documentationInstallation, utilisation et exemples.
Des testsPour vérifier que l’outil fonctionne sur vos données.
Une transmissionEt si besoin une formation de votre équipe.

TechnologiesPythonRBashNextflowSnakemakeDockerApptainerShinyStreamlitGit

Questions fréquentes

Une autre question sur votre projet ? Écrivez-nous, un expert vous répond.

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Quels types d’outils pouvez-vous développer ?

Des scripts de prétraitement et de contrôle qualité, des pipelines d’analyse reproductibles, des outils de visualisation et des tableaux de bord interactifs, du simple script à la plateforme complète.

Pouvez-vous former notre équipe à l’utilisation de l’outil ?

Oui. Documentation, accompagnement ou formation peuvent être inclus dans le projet, comme précisé dans le devis.

Où l’outil est-il installé ?

Sur votre infrastructure : vos serveurs ou votre cluster de calcul. Les pipelines sont livrés avec des conteneurs Docker ou Apptainer, ce qui facilite leur installation sur votre infrastructure.

Pouvez-vous reprendre un script ou un pipeline existant ?

Oui. Nous pouvons auditer un outil existant, le fiabiliser, le documenter ou le faire évoluer, par exemple en le transformant en pipeline Nextflow ou Snakemake reproductible.

Besoin d’un script ou d’un projet complet ?

Parlez-nous de vos données et de vos besoins : construisons-le ensemble.

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