Analyse de données de métagénomique : les communautés microbiennes, du 16S au shotgun
Séquençage d’amplicons 16S ou shotgun : Sycomia analyse vos données de microbiote de bout en bout, des lectures brutes à la diversité, l’abondance différentielle et les fonctions, avec une stratégie construite autour de votre question biologique.
Séquençage d’amplicons 16S
Le séquençage d’amplicons cible un gène marqueur, comme le gène de l’ARNr 16S des bactéries, amplifié à partir de l’ensemble des bactéries d’un échantillon (intestin, peau, sol, eau…). C’est une façon économique de décrire quels taxons sont présents, et en quelle proportion relative, sur de nombreux échantillons.
Exemples d’analyses
- Contrôle qualité et retrait des amorcesQualité des lectures vérifiée et amorces retirées. Les paires de lectures sans amorce sont écartées, pour des amplicons homogènes.
- Variants de séquence (ASV)Débruitage avec des modèles d’erreur appris sur vos données : variants de séquence exacts, fusion des paires de lectures et retrait des chimères.
- Assignation taxonomiqueClassification sur des bases de référence curées, et retrait des séquences mitochondriales, chloroplastiques et non assignées.
- Profondeur de séquençageCourbes de raréfaction pour vérifier que la profondeur de chaque échantillon suffit à capturer sa diversité.
Diversité et abondance différentielle
L’analyse de diversité mesure la diversité au sein de chaque échantillon (diversité alpha : richesse et équitabilité) et compare les échantillons entre eux (diversité bêta). Elle montre si vos conditions modifient le microbiote, et comment.
Exemples d’analyses
- Diversité alphaRichesse, indice de Shannon, équitabilité et diversité phylogénétique, comparés entre groupes avec des tests statistiques adaptés.
- Diversité bêtaDistances de Bray-Curtis, Jaccard, UniFrac et d’Aitchison, représentées par analyse en coordonnées principales (PCoA) et testées par PERMANOVA, avec vérification de l’homogénéité des dispersions (PERMDISP).
- Abondance différentielleIdentification des taxons dont l’abondance diffère entre conditions, avec des méthodes adaptées aux données compositionnelles et la prise en compte des covariables (âge, IMC, traitements).
- Composition et heatmapsAbondances relatives du phylum au genre, et classification hiérarchique des échantillons et des taxons les plus abondants.
Métagénomique shotgun
La métagénomique shotgun séquence tout l’ADN d’un échantillon, et pas seulement un gène marqueur. Elle atteint une résolution taxonomique plus fine, jusqu’à l’espèce, voire la souche, détecte aussi archées, champignons et virus, et révèle les gènes et les voies métaboliques portés par la communauté.
Exemples d’analyses
- Profil taxonomiqueIdentification et quantification des bactéries, archées, champignons et virus, jusqu’à l’espèce, pour décrire la composition et la diversité des communautés.
- Profil fonctionnelIdentification des gènes, voies et modules fonctionnels pour comprendre le potentiel métabolique des communautés microbiennes.
- Comparaison entre conditionsTaxons et voies métaboliques comparés entre vos groupes, avec la même rigueur statistique que pour les données 16S.
- Retrait de l’ADN de l’hôteLes lectures humaines sont écartées avant toute analyse : une étape clé pour les biopsies ou la peau, qui limite aussi les données personnelles conservées.
Votre analyse n’est pas dans la liste ? Nous construisons aussi des analyses sur mesure, adaptées à votre question biologique. Parlons-en
Un exemple de rapport d’analyse
Ce que vous recevez à la fin de votre projet.
- Contrôle qualitéLa qualité de vos données vérifiée avant toute analyse, et son impact sur les résultats.
- Résultats completsLes résultats de chaque analyse, avec les tableaux complets.
- Interprétation biologiqueCe que vos résultats signifient pour votre question biologique.
- Figures et fichiersFigures prêtes à publier et fichiers réutilisables, en HTML ou PDF.
Exemple de métagénomique 16S sur données fictives.
Questions fréquentes
Une autre question sur votre projet ? Écrivez-nous, un expert vous répond.
Nous contacter16S ou shotgun : lequel choisir ?
Le séquençage d’amplicons 16S est une façon économique de décrire la composition bactérienne sur de nombreux échantillons. La métagénomique shotgun coûte plus cher, mais atteint le niveau de l’espèce et révèle le potentiel fonctionnel de la communauté. Nous vous aidons à choisir selon votre question et votre budget.
Quels types d’échantillons pouvez-vous analyser ?
Toute communauté microbienne : intestin et selles, peau, bouche, sol, eau, aliments ou échantillons environnementaux. Nous travaillons à partir de vos données de séquençage (fichiers FASTQ).
Avez-vous un exemple de rapport de métagénomique ?
Oui. Voir un exemple de rapport d’analyse 16S, construit sur des données fictives.
Mes données restent-elles confidentielles ?
Oui. Nous signons un NDA sur simple demande, avant tout échange de données. Vos données sont traitées sur nos propres serveurs, les données cliniques sont hébergées en France chez un hébergeur de données de santé certifié (HDS), et vos données sont effacées dans les 30 jours suivant la fin du projet, ou plus tôt à votre demande, conformément au RGPD.
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16S ou shotgun, microbiote intestinal, environnemental ou alimentaire : parlez-nous de votre question biologique et de vos données, nous vous proposerons la bonne stratégie d’analyse.