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Des services de bioinformatique pour vos données omiques

De l’analyse de vos données de génomique, métagénomique, transcriptomique, protéomique et épigénétique à l’intelligence artificielle, en passant par le conseil et les outils sur mesure, Sycomia accompagne vos projets de la question biologique jusqu’aux résultats interprétés.

Analyse de données omiques

Une analyse complète de vos données, lectures courtes ou longues, bulk ou single-cell, avec un rapport scientifique qui répond à votre question biologique.

  • Génomique

    Décoder l’ADN pour faire avancer la découverte

    • Détection et annotation de variants (WGS, WES)
    • ADN tumoral circulant et biopsie liquide
    • Assemblage et annotation de génomes
    • Génomique comparative : orthologues, synténie, phylogénomique
    Découvrir : Génomique

  • Métagénomique

    Comprendre les communautés microbiennes

    • Séquençage d’amplicons 16S : ASV et taxonomie
    • Diversité alpha et bêta, PERMANOVA
    • Abondance différentielle entre conditions
    • Métagénomique shotgun : espèces et fonctions
    Découvrir : Métagénomique

  • Transcriptomique

    Révéler les gènes en action

    • RNA-seq bulk : expression différentielle, GO, GSEA
    • RNA-seq single-cell : clustering, annotation, trajectoires
    • Transcriptomique spatiale
    • Fusions de gènes, isoformes et déconvolution
    Découvrir : Transcriptomique

  • Protéomique

    Explorer les protéines et leurs fonctions

    • Protéomique d’affinité : Olink®, SomaScan®
    • Spectrométrie de masse non ciblée
    • Réseaux d’interactions et enrichissement fonctionnel
    • Intégration avec la transcriptomique
    Découvrir : Protéomique

  • Épigénétique

    Révéler les marques qui façonnent l’ADN

    • Méthylation de l’ADN : WGBS, RRBS, Nanopore
    • Chromatine : ATAC-seq, ChIP-seq, CUT&Tag
    • Génomique 3D : Hi-C, TAD, boucles
    • Épigénomique single-cell
    Découvrir : Épigénétique

Une expertise au-delà de l’analyse

Intelligence artificielle, conseil, formation et développement logiciel, pour aller plus loin avec vos données et renforcer vos équipes.

  • IA & modélisation

    Prédire et innover grâce à l’IA

    • Stratification de patients et prédiction de la réponse aux traitements
    • Découverte de biomarqueurs et de signatures moléculaires
    • Modèles de prédiction et de classification sur mesure
    • Fine-tuning sur vos données, data engineering
    Découvrir : IA & modélisation

  • Conseil & formation

    Gagner en expertise et en autonomie

    • Conseil sur vos analyses et la stratégie de vos projets
    • Conception de pipelines (Nextflow, Snakemake)
    • Formations Python, R, Bash, Git et Docker
    • Formations pratiques : RNA-seq, single-cell, IA appliquée à la biologie
    Découvrir : Conseil & formation

  • Développement d'outils

    Du simple script à la plateforme complète

    • Scripts de prétraitement et de contrôle qualité
    • Pipelines d’analyse reproductibles
    • Visualisation de données et tableaux de bord interactifs
    Découvrir : Développement d'outils

Votre projet, votre devis

Chaque projet est unique : nos devis suivent ses ambitions et ses contraintes, avec clarté, équité et souplesse.

  • Adapté à votre projet

    Nos tarifs ne sont jamais standardisés : ils dépendent de la nature, de la complexité et des objectifs de votre projet.

  • Clair et détaillé

    Chaque devis détaille l’expertise, les technologies et les ressources mobilisées, pour que vous ne payiez que ce qui compte pour vos objectifs.

  • Aucun coût caché

    Tout coût supplémentaire, comme une analyse complémentaire ou une extension du projet, est discuté ouvertement et validé à l’avance.

Questions fréquentes

Quelles données omiques analysez-vous ?

Génomique et métagénomique, transcriptomique (bulk, single-cell et spatiale), protéomique (affinité et spectrométrie de masse) et épigénétique, en lectures courtes ou longues, ainsi que l’intégration de plusieurs couches omiques et de données cliniques.

Pouvez-vous nous aider avant la production des données ?

Oui. Nous pouvons vous conseiller sur le plan d’expérience et le choix des technologies avant le séquençage, pour que vos données puissent réellement répondre à votre question biologique.

Mes données restent-elles confidentielles et sécurisées ?

Nous signons un NDA sur simple demande, avant tout échange de données ou d’informations confidentielles. Les données sont traitées sur nos propres serveurs, les données cliniques sont hébergées en France chez un hébergeur de données de santé certifié (HDS), et vos données sont effacées dans les 30 jours suivant la fin du projet, ou plus tôt à votre demande, conformément au RGPD.

Comment le prix d’un projet est-il fixé ?

Après un premier échange sur votre projet, nous vous envoyons un devis détaillé, adapté à vos données, à vos questions et aux analyses nécessaires. Tout coût supplémentaire est validé à l’avance.

Quels sont vos délais ?

Nous prenons en charge votre projet rapidement. Les délais dépendent des analyses définies dans le plan analytique : nous les fixons avec vous avant le démarrage, puis nous vous tenons informé de l’avancement à chaque étape.

Que recevrai-je à la fin du projet ?

Un rapport scientifique avec des résultats interprétés (méthodes, résultats et interprétation, en HTML ou PDF), des figures prêtes à publier, les fichiers de résultats et une évaluation de la qualité des données. Nous vous présentons ensuite les résultats lors d’une réunion dédiée, en visioconférence. Voir un exemple de rapport.

Vous hésitez sur l’analyse à mener ?

Parlez-nous de votre question biologique et de vos données : nous vous aidons à définir la bonne stratégie.

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