Epigénétique

Méthylation de l'ADN

Nous proposons des analyses complètes de la méthylation de l’ADN à l’aide des méthodes WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing), RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) et enzymatiques. Nos workflows incluent un alignement de haute qualité des lectures, la détection précise des sites méthylés, ainsi que des contrôles qualité rigoureux, garantissant des profils épigénétiques fiables, reproductibles et représentatifs de l’ensemble du génome.

Notre équipe réalise des analyses robustes de méthylation différentielle afin d’identifier les régions génomiques présentant des variations significatives de méthylation entre différentes conditions. Nos workflows sont conçus pour faciliter la découverte de biomarqueurs épigénétiques et d’éléments régulateurs associés aux maladies, au développement ou aux réponses environnementales.

Nos bio-informaticiens estiment avec précision l’âge biologique à l’aide d’horloges épigénétiques fondées sur la méthylation de l’ADN. En comparant l’âge épigénétique à l’âge chronologique, nous évaluons l’accélération du vieillissement et ses liens potentiels avec la santé, les pathologies et les expositions environnementales. Nos workflows garantissent des prédictions fiables, quel que soit le type de tissu ou le design expérimental.

Notre équipe est capable de détecter directement la méthylation de l’ADN à partir des lectures de séquençage Oxford Nanopore, sans recours à une conversion chimique. Nos pipelines exploitent les données brutes au niveau du signal, pour identifier avec précision les motifs de méthylation à l’échelle du génome. Cela permet une analyse épigénétique en temps réel, adaptée aux régions complexes et aux variants structuraux.

Accessibilité de la Chromatine et Interactions avec des Facteurs de Transcription

Sycomia offre un accompagnement pour l’analyse de la chromatine à l’aide des technologies ATAC-seq, ChIP-seq et CUT&Tag. Nos workflows garantissent un prétraitement de haute performance, incluant le contrôle qualité, le retrait des adaptateurs et un alignement précis sur les génomes de référence, constituant ainsi une base solide pour l’exploration fiable de l’accessibilité de la chromatine et des interactions ADN-protéines.

Nos experts réalisent avec précision la détection des pics, à partir des données de issues de la chromatine (ATAC-seq, ChIP-seq, CUT&Tag), afin d’identifier les régions présentant un enrichissement significatif. Nos workflows optimisés permettent une identification affinée des éléments régulateurs, des sites de liaison des facteurs de transcription et des pics de modifications des histones, facilitant ainsi les analyses fonctionnelles en aval.

Nous proposons une analyse complète des motifs afin de détecter et caractériser les séquences d’ADN au sein de régions régulatrices. En mettant en lumière les sites de liaison potentiels des facteurs de transcription, notre analyse contribue à élucider les réseaux régulateurs qui contrôlent l’expression génique et les fonctions cellulaires.

Nous analysons les données d’interactions ARN-ADN issues d’expériences ChIRP-seq et RAP-seq afin d’identifier et de cartographier avec précision les régions génomiques associées à des ARN spécifiques. Cette cartographie détaillée offre des perspectives précieuses sur l’influence des molécules d’ARN, l’organisation de la chromatine, la régulation génique et les mécanismes épigénétiques. En intégrant ces données avec d’autres couches Omiques, nous contribuons à révéler les réseaux régulateurs complexes et les rôles fonctionnels des ARN non codants dans divers processus biologiques et pathologies.

Génomique 3D

Notre équipe propose l’analyse des données Hi-C et Capture Hi-C afin d’explorer l’organisation tridimensionnelle du génome. En cartographiant les interactions chromatiniennes à différentes résolutions, ces techniques révèlent l’architecture spatiale du génome ainsi que les contacts régulateurs essentiels à l’expression des génes et aux fonctions cellulaires.

Nous réalisons l’analyse des boucles de la chromatine et des Domaines Topologiques Associés (TADs) à partir des données du génome 3D. L’identification de ces structures permet de mieux comprendre les principes d’organisation du génome ainsi que leur rôle dans la régulation de l’expression génique et la stabilité génomique.

Nous proposons une visualisation détaillée des données Hi-C, mettant en évidence les interactions chromatiniennes, les boucles et la structure tridimensionnelle du génome de manière intuitive et accessible. Cette visualisation facilite la compréhension de l’organisation spatiale du génome ainsi que de ses implications fonctionnelles.

Single-cell Epigénomique

Notre équipe vous accompagne dans l’analyse des données épigénomiques de cellules uniques, incluant scATAC-seq et scMethyl-seq. Ces techniques permettent de détecter le profil de l’accessibilité chromatinienne et de la méthylation de l’ADN à l’échelle de la cellule unique, révélant l’hétérogénéité cellulaire et la régulation épigénétique au sein de tissus complexes.

Nous utilisons des approches informatiques pour reconstruire les trajectoires épigénétiques à partir de données single cell. Cela permet de suivre les changements dynamiques de l’accessibilité chromatinienne ou de la méthylation de l’ADN, dévoilant les voies de différenciation cellulaire et les programmes régulateurs à l’échelle de la cellule unique.

Nous intégrons les données épigénomiques de cellules uniques avec les données single-cell RNA-seq afin d’offrir une vue globale des états cellulaires et des mécanismes régulateurs. Cette analyse conjointe relie les profils d’expression génique à l’accessibilité chromatinienne ou à la méthylation, permettant une compréhension approfondie de l’identité et des fonctions cellulaires.

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