Développement d'outils
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fastqc raw/sample_R1.fastq.gz raw/sample_R2.fastq.gz -o results/qc/
trimmomatic PE sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz results/trimmed_R1.fastq.gz results/trimmed_R2.fastq.gz
STAR --genomeDir genome_index --readFilesIn results/trimmed_R1.fastq.gz results/trimmed_R2.fastq.gz --outFileNamePrefix results/star/
featureCounts -a annotation.gtf -o results/counts.txt results/star/Aligned.out.sam
Nous créons des outils bioinformatiques personnalisés conçus pour optimiser votre recherche, allant de petits scripts à des plateformes et pipelines d’analyse entièrement intégrés.
Scripts de prétraitement des données et de contrôle qualité
Nous développons des scripts personnalisés qui automatisent les tâches répétitives et chronophages de vos flux de données. Du nettoyage et de la normalisation des données brutes aux contrôles de qualité, nos outils garantissent que vos ensembles de données sont précis, cohérents et prêts pour l’analyse en aval. En optimisant ces étapes initiales, nous vous aidons à réduire les erreurs, à gagner du temps et à vous concentrer sur les insights biologiques plutôt que sur la manipulation manuelle des données.


Pipelines d’analyse
Nous concevons et mettons en œuvre des pipelines Nextflow de bout en bout, couvrant toutes les étapes de votre projet de recherche, du traitement des données brutes jusqu’aux résultats finaux. Que vous travailliez en génomique, transcriptomique, protéomique ou avec d’autres ensembles de données à haut débit, nos pipelines sont entièrement personnalisables, robustes et évolutifs pour gérer des ensembles de données de toute taille.
Visualisation des données et exploration interactive
Nous créons des outils de visualisation clairs et interactifs qui facilitent la compréhension des données biologiques complexes. Des graphiques simples aux tableaux de bord dynamiques, nos solutions vous permettent d’explorer vos résultats, d’identifier des tendances et de partager vos analyses avec votre équipe de manière intuitive. Nous utilisons des frameworks de visualisation modernes (par exemple Plotly, R/Shiny, Dash) pour offrir des interfaces dynamiques et conviviales, rendant l’exploration de vos données fluide, que ce soit pour valider des hypothèses, présenter des résultats ou collaborer au sein d’équipes.
